Em 2008, também em parceria com a Universidade Católica de Goiás, foi implantado o Programa de Mestrado em Educação. Autorizado pela Comissão de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (Capes) e Ministério da Educação, o mestrado oferece 32 créditos, num total de 480 horas, ao longo de 30 meses. As atividades do curso estão previstas para os campi da UniEVANGÉLICA, em Anápolis, e da UCG, em Goiânia.

O programa de mestrado interinstitucional desenvolve a linha de pesquisa Teorias da Educação e Processos Pedagógicos, voltada para estudos das teorias e dos processos formativos e suas implicações nas práticas educativas, na formação de professores e na gestão organizacional, esclarece o pró-reitor. A linha de pesquisa abrange temas relacionados ao currículo, à didática e metodologias específicas de ensino, às práticas e linguagens associadas a processos formativos, considerando contextos socioculturais e diversidades.

A experiência adquirida fez com que novos projetos passassem a merecer atenção, procurando-se estabelecer políticas para a pós-graduação stricto sensu da UniEVANGÉLICA, tendo como eixo a criação de novos mestrados, articulados com a problemática regional e nacional.